Beim atypischen Gesichtsschmerz leiden die Betroffenen in über 90% der Fälle unter einem Dauerschmerz mit gleichbleibender oder auch wechselnder Intensität. Nur bei wenigen Patienten verschwinden die Beschwerden für mehrere Monate und treten dann erneut auf.

Der atypische Gesichtschmerz wird oft als tief, brennend, drückend und bohrend beschrieben, einschießende Schmerzen kommen selten vor. Der Schmerz lässt sich schlecht eingrenzen. Er betrifft typischerweise Auge, Nase, Wange und/oder Schläfe, von wo aus er sich oftmals in die Kiefer oder sogar bis zum Nacken ausbreitet. Somit werden die anatomischen Versorgungsgrenzen des N. trigeminus überschritten. Die Beschwerden sind überwiegend einseitig, in 30% der Fälle jedoch auch beidseitig.

Vom atypischen Gesichtsschmerz sind Frauen deutlich häufiger betroffen als Männer. Zwei Drittel der Patienten sind Frauen – vor allem zwischen dem 30. und 50. Lebensjahr.